Os atrasos injustificados dos empregados não podem ser compensados com as horas extras realizadas, já que as horas extraordinárias, mediante acordo de prorrogação de horas, devem ser remuneradas com o acréscimo de, no mínimo, 50% sobre o valor da hora normal.
 
Entretanto, os atrasos injustificados do empregado ao serviço autorizam o empregador a proceder ao desconto correspondente ao período respectivo na remuneração do trabalhador.

(Constituição Federal, art. 7º, XVI; Consolidação das Leis do Trabalho - CLT, art. 59, caput e § 1º)
 
Fonte: Editorial IOB